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全州现有野生动物34目106科652种，其中大熊猫、川金丝猴、雪豹、白唇鹿等国家重点保护动物98种，省级保护动物32种。高等植物239科1090属5223种，其中国家重点保护植物有9种，国家二级保护植物18种。
一是强化自然保护区建设。为有效保护全州野生动植物资源，全州（机构改革划转和移交的保护区）已陆续建立了各级自然保护区44个，包括国家级自然保护区6个，省级自然保护区14个，州级自然保护区5个、县级自然保护区19个，不断加强保护区能力建设，营造良好栖息地环境。
二是强化保护宣传力度。充分利用“世界湿地日”和 “爱鸟周”等活动，通过电视、电台、报纸、网络及学校等传媒方式，大力宣传湿地、野生动植物保护等法律法规和秋季候鸟、野生动物疫源疫病防控工作，多层次、全方位倡导民众自觉参与野生动植物保护工作，主动抵制野生动植物制品非法交易。
三是强化违法犯罪行为打击力度。针对我州破坏野生动物违法犯罪行为屡禁不止的现象，近年来，为提供强有力的法治保障，在日常巡查的基础上，不间断地开展“绿盾”“亮剑”等一系列打击破坏野生动植物违法犯罪行动，配合州市场监督管理局联合开展野生动物保护专项整治行动。
四是强化行政审批管理。严格控制无序或借开发为由肆意破坏野生动植物资源的行为，进一步严格野生动物驯养繁殖、野生动物及其制品的运输经营、科学考察等行政许可项目的审核审批。现已建成野生动物养殖公司3家，养殖林麝859只、梅花鹿621只。
